Η μύηση στο Ρέικι σύστημα αποτελεί αφενός μια διαδικασία εκμάθησης του συστήματος που προκύπτει ύστερα από αρκετή μελέτη βιβλίων και μαθημάτων που κάνει ο δάσκαλος στο μαθητή του και αφετέρου μια περίοδο επιμόνου εξασκήσεως σε αναπνευστικές, οραματιστικές, διαλογιστικές ασκήσεις που διδάσκει ο δάσκαλος στο μαθητή. Για να βοηθηθεί ο μαθητής στη διττή αυτή χρονική περίοδο, ο δάσκαλος εκτελεί μια τελετή συντονισμού όπου ο μαθητής λαμβάνει ένα αρκετά μεγάλο ποσοστό ενέργειας Ρέικι από το δάσκαλό του. Αποτέλεσμα αυτής της διαδικασίας είναι η αυξημένη ευαισθησία του μαθητή στην ενέργεια Ρέικι, κάτι που δρα επιβοηθητικά στην πρακτική και στη μελέτη του.
Η μύηση περιλαμβάνει μια διαδικασία-τελετουργία συντονισμών και είναι ελαφρώς διαφορετική ανά βαθμό. Ο ασκούμενος κάθεται σε στάση seiza και τοποθετεί τα χέρια του στη στάση gassho. Ο δάσκαλος ξεκινά τη διαδικασία διοχετεύοντας μεγάλη ποσότητα ενέργειας στο σώμα του ώστε να μπορεί μετά ο δέκτης, να διοχετεύει την ενέργεια αυτή και να καλλιεργήσει τη σύνδεση ώστε να γίνει δεύτερη φύση του η παγκόσμια ενέργεια Ρέικι. Η μύηση βοηθά στο να γίνει πιο δεκτικό το άτομο και πιο ευαίσθητο στην ενέργεια.
Πριν και μετά τη μύηση ακολουθεί μια περίοδος κάθαρσης, μελέτης και εξάσκησης. Μετά τη μύηση ο δέκτης πλέον μπορεί να διοχετεύσει την Ρέικι μέσα από τις παλάμες των χεριών του, την ανάσα του και τα μάτια του. Ο δάσκαλος τον καθοδηγεί στην ορθή εφαρμογή και χρήση των ιαπωνικών μεθόδων του Ρέικι συστήματος.
